Porque cuandos bajas las aplicaciones desde Installous, lo haces directamente desde el iPod, y entonces, al hacer esto, unicamente quedan guardadas e instaladas en el iPod, y no en tu computadora donde está iTunes. Cuando sincronizas tu iPod con iTunes, unicamente se borran las aplicaciones que tienes en tu iPod y que no están en iTunes; si tienes las aplicaciones tanto en tu iPod como en iTunes, no pasará nada, las aplicaciones seguirán instaladas en tu iPod.
Lo que te recomiendo, es que cuando vayas a bajar una aplicacion crackeada, lo hagas directo desde tu computadora, para que después cuando sincronices con iTunes, las aplicaciones no se borren a cada rato, en Youtube existen muchos videos de como hacer eso.
Si no quieres andar bajando los juegos desde tu computadura, y lo quieres seguir haciendo desde Installous, entonces lo que te recomiendo es que saques las aplicaciones de tu iPod por medio SSH, éste medio es muy útil, ya que te permite acceder exactamente a todas las carpetas que componen al iPod Touch, ahorita para lo que necesitamos usar SSH, es para sacar una carpeta del iPod hacia la computadora, cosa que no se puede hacer con el explorador de Windows o iTunes. Aquí te dejo un vídeo de como hacer SSH:
http://www.youtube.com/watch?v=ZNdxp3Sz7...
Ese video, solo te muestra como hacer SSH, no recuerdo la carpeta que contiene los juegos, pero si no mal recuerdo, estan en private/var/mobile/aplicaciones
No estoy muy seguro de la direccion en donde están las aplicaciones, pero creo si es esa que te acabo de mencionar, de todas maneras las carpetas son llamadas por el nombre de la aplicación, terminando con la extension .app: Zombieville.app por ejemplo.
Unicamente arrastra ésta carpeta que está en el iPod, a una carpeta que hayas creado dentro de tu computadora, una vez que se copio a tu computadora, solo arrastra esa carpeta hacia iTunes tal como aparece: Zombieville.app, y iTunes reconocerá que es una aplicación, y automáticamente se guardará en iTunes como .ipa, sincronizas con tu iPod y problema resuelto.
Espero haberte ayudado :) Saludos