La animacion la puedes realizar en cualquier programa de diseño 3d, sin embargo te recomiendo utilices el Blender, ya que ademas de gratuito este tiene un editor de presentaciones, ya sea en video o presentaciones interactivas (como en el videojuegos) checa los siguientes datos y de preferencia checa la galeria de videos:
Blender, es el programa mas pequeño y facil de aprender/manejar, es libre (gratuito y de codigo abierto), y no tiene nada que envidiarle a los programas de diseño comerciales (muy costosos), incluso superando en varios aspectos a muchos de ellos, lo puedes descargar desde su pagina principal (www.blender.org), lo puedes descargar en version instalable o la version zip, que no se instala ya que solo la debes descomprimir, checa los ejemplos de lo que se puede hacer con el:
Imagenes:
http://www.blender.org/features-gallery/...
Videos:
http://www.blender.org/features-gallery/...
En su pagina encontraras gran cantidad de tutoriales, recursos y enlaces para que lo aprendas a utilizar, si tienes problemas con el ingles, puedes contactarme para que que envie tutoriales (en español), recursos y todo lo que necesites.
Incluso tiene un Engine para la realizacion de videojuegos, pero eso es otra historia, un ejemplo del proyecto de un juego en proceso con demos descargables:
http://www.yofrankie.org/
Otras caracteristicas:
Editor de Video.
Capacidad de crear presentaciones 3d
Puedes hacer presentaciones interactivas
Presentaciones interactivas estereoscopicas (anaglifos)
Capacidad de aumentar las funciones con scripts que puedes hacer tu mismo o bajar de la red (crear arboles, importar humanos hechos en makehuman, importar editores de moleculas, Crear mundos, hacer esenarios rapidos, etc)
Y con el paso del tiempo dejara mordiendo el polvo a los otros programas de diseño 2d y 3d.
Cualquier otra duda pueden contactarme