a San Miguel se les unió el ejército de Dragones de la Reyna, y partieron hacia Celaya, donde Hidalgo fue nombrado General del ejército, Allende fue nombrado teniente y Aldama Mariscal, esto con el fin de organizar un poco a la gente.
Con poco más de seis mil soldados Hidalgo, acompañado de Allende, Aldama y Abasolo inició la lucha. En pocos días entró, sin ninguna resistencia en Celaya y Salamanca, donde fue proclamado como capitán general de los ejércitos sublevados. En Atotonilco, entró al santuario local y tomó el estandarte de la virgen de Guadalupe, símbolo de su movimiento.
Antes de entrar a Guanajuato, el 28 de septiembre, Hidalgo intentó intimidar al intendente de Guanajuato, su viejo amigo Juan Antonio Riaño. Pero el marino español desistió de entregar la plaza sin derramar sangre, prefirió reunir al regimiento local para acuartelarse en la bodega más grande de toda la provincia; la Alhóndiga de Granaditas, donde también se congregaron miembros de las familias más acaudaladas de la ciudad. Hidalgo ordenó a Allende, brazo armado del movimiento, lanzar a sus tropas contra el edificio.
Los españoles ofrecieron ferrea resistencia, sin embargo, el intendente Riaño a le ver uno de los frentes descubiertos, deside personalmente dirigir la defensa de ese punto, al regresar a su puesto, fue alcanzado por un proyectil en la cabeza cayendo muerto de inmediato, esto causo gran desconcierto en los defensores. Tras más de cinco horas de combate. Uno de los abogados, quien legalmente debía quedarse a cargo de la intendencia en ausencia del titular, intentó pactar con los insurgentes y alzó una bandera blanca en señal de paz, y la tropa rebelde cesó el ataque. El coronel García de la Corona, comandante militar de la plaza, mató al regidor y reinició las acciones bélicas.
Con ayuda de un minero llamado Juan José de los Reyes Martínez, pero apodado "El Pípila", quien quemó la puerta de la bodega, los militares al mando de Allende y Aldama pudieron penetrar en la alhóndiga, y una vez dentro mataron a todos los españoles, tanto ciudadanos como militares. Acto seguido se dio el saqueo de la ciudad, con lo que los insurgentes pudieron conseguir fondos para batallas posteriores.
Luego se dirigieron hacia Valladolid, ciudad que fue tomada sin ninguna lucha, ya que el ejército que iba a apoyar a los españoles fue sorprendido por el ejército insurgente; en Valladolid, Hidalgo dio las primeras reformas sociales, aboliendo la esclavitud y suprimiendo el pago de tributo de las castas y las cargas, lo que hizo que más gente se le uniera.