Hola, bueno la verdad es que es un poco extraño lo que pasa. Se me ocurren un par de cosas por lo que puede pasar:
1.- Que el pen o el ordenador donde lo conectas funcione mal.
2.- Que el pen, carpetas, tengan un virus y el ordenador no deje abrirlo como seguridad.
3.- Que las carpetas no sean las originales, sino un acceso directo y por lo tanto no encuentres el archivo origen y sea eso lo que no te deje abrirlas.
¿Soluciones?
En caso de ser la primera, si el que funciona mal es el pen, poca cosa que hacer (comprar otro), si el que funciona mal es el PC, llevarlo a arreglar.
Si es el segundo, analiza bien el pendrive, carpetas... con un buen antivirus y si crees que no tiene nada desinstala en antivirus para que no bloquee el acceso.
Si es la tercera y conservas los archivos originales, borra las capertas del pen y vuelve a pasar las originales.
Espero que te sirva alguna de estas.
Un saludo.