Hola, son dos tecnologías relativamente jóvenes, más la de los pen drive que es memoria flash en definitiva.
Al ser un poco más antigua la tecnología de los discos ópticos, se conoce un poco más sobre su duración. Si guardas los disco en un lugar seco, poco aireado y a una temperatura adecuada, se estima (está por comprobar) que el CD o DVD puede durarte más de 100 años. Se puede rallar la superficie y una unidad óptica puede ser incapaz de leer los datos pero existe una técnica de pulido de superficie que dejan el disco como nuevo (hace poco reparé un disco de la PlayStation2 por 3€ que encontré en la calle con la superficie muy rallada). Recuperar la información de un disco hecho pedazos es más complicado y caro, pero no imposible.
Una memoria flash en cambio se usa más para trasiego de información, como herramienta de uso diario donde introduces y borras información muy a menudo, no para almacenar a modo de biblioteca. Por si no lo sabes, la memoria flash tiene un uso limitado, es decir, por poner un ejemplo, no puedes sobreescribir más de mil veces porque ya quedaría agotado el hardware del que está construido y quedaría inservible. No está claro o no tengo noticia del tiempo que puede aguantar un pen drive almacenado con su información. Si se te cae al suelo y se daña la memoria, es imposible recuperar la información pero esto es dificil porque es un dispositivo muy ligero y más bien se rompería al ser aplastado fuertemente por algo pesado o por un golpe a conciencia con un martillo o similar, la alta temperatura también puede destruir la información que contiene primero y a una temperatura más elevada dañar el dispositivo permanentemente.
Lo más práctico y recomendable es usar la tecnogía óptica para almacenar datos que no se van a modificar y/o se va a almacenar durante mucho tiempo y la tecnología flash para almacenar información que se actualiza con frecuencia y/o no existe necesidad de almacenar durante un tiempo prolongado.