Hola,
Aquí te van dos ligas donde he visto buenos tutoriales de java.
No se si haya alguno del IDE NetBeans, pero java es igual en todos los IDE's lo que cambia son las facilidades que te ofrecen, para las aplicaciones GUI (si es que son desktop) necesitas buscar lo referente a las clases swing.
http://www.javahispano.org/tutorials.lis...
y
http://www.programacion.com/java/tutoria...
Estos son de GUI pero están en inglés (son bastante buenos).
http://java.sun.com/developer/onlineTrai...
leí Trail: Creating a GUI with JFC/Swing y los de building an application.
Y si manejas algo de inglés, te sugiero que busques dudas específicas en el forum de java (no he encontrado uno bueno en español).
http://forum.java.sun.com/index.jspa
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